Boss : Ganon, le Fléau
Durant ce premier combat, Ganon utilisera peu ou prou toutes les techniques possédées par ses Ombres : il pourra ainsi envoyer des blocs de glace, à détruire avec Cryonis, envoyer un orbe de feu à l'explosion très large que vous pouvez geler avec un flèche de glace, peut tirer des vagues de projectiles, envoyer des tornades, faire s'abattre des pieux frappés par la foudre et dispose d'attaques au corps-à-corps qui enflamment la zone touchée.
Lorsque vous vous approchez trop du boss lorsqu'il est au sol, il déclenche également une violente onde de choc pour vous repousser. Votre meilleure chance de placer des coups reste donc d'esquiver avec le bon timing ses attaques au corps-à-corps pour pouvoir déclencher un ralenti. Lorsque Ganon s'accroche au mur, vous pouvez également tenter des parades parfaites lorsqu'il tir ses projectiles bleus afin de lui renvoyer et de le décrocher sur le coup, vous donnant une autre opportunité de le frapper.
Une fois la jauge de vie du boss descendue au dernier quart, il invoque une sphère orangée pour se protéger : tant qu'il est entouré de cette lumière, vous ne pouvez alors plus lui causer de dégâts. Il gagne cependant une attaque de plus qui causera sa perte : le rayon laser chargé, annoncé par un laser rouge pointé sur vous. En exécutant une parade parfaite sur ce rayon, vous le renverrez à Ganon en lui causant des dégâts et en annulant sa protection, vous permettant de placer des combos. Vous pouvez exécuter la même manœuvre avec les tirs plus rapides qu'il lancera en étant accroché au mur.
Après une scène, vous vous retrouvez en extérieur contre la seconde forme de Ganon.
Boss : Ganon, créature maléfique
Dès le début du combat, ramassez l'Arc de lumière en face de vous et galopez sur le flanc de la créature en prenant soin d'équiper l'arc. Zelda fera alors apparaître trois sceaux lumineux sur Ganon : il vous appartient de les détruire en tirant une flèche sur chacun, en veillant à vous tenir assez près du boss pour que le projectile atteigne sa cible. Répétez l'opération pour l'autre flanc de Ganon, puis sur son ventre en lui passant en dessous, et attendez enfin qu'il lance l'un de ses souffles enflammés pour descendre de votre cheval à l'endroit où des courants ascendants sont créés. Envolez-vous dans les airs avec et tirez alors dans l'oeil sur la tête de Ganon pendant le ralenti pour conclure l'affrontement.
