Lors de la traversée des niveaux de Nioh, vous pourrez trouver des Sanctuaires, qui agissent comme des points de sauvegarde et des checkpoints lorsque vous y priez, et seront votre principale forme de salut. Lorsque vous mourrez, vous retournez automatiquement au dernier Sanctuaire auquel vous avez prié. Vous pouvez y dépenser votre Amrita pour passer des niveaux, changer de Familier, préparer vos Magies et Ninjutsu, mais aussi accepter la bénédiction des Kodamas.

Ces petits êtres verts à rappatrier au Sanctuaire, que vous pouvez trouver la plupart du temps bien cachés au sein des niveaux principaux, vous proposeront cinq types de bonus différents : plus de butin d'arme, d'armure, de matériaux, d'elixirs ou plus d'Amrita reçu. Plus vous trouverez de Kodamas dans une région, plus l'effet que vous choisirez sera puissant. De plus, quel que soit la bénédiction que vous choisissez, vous bénéficierez d'un bonus d’Élixirs très important allant de +1 à +5. Cela vous permettra, lorsque vous mourrez, de remplir votre stock d’Élixirs automatiquement de ce même montant, limitant ainsi la nécessité de puiser dans vos réserves.

Toutefois, les Kodamas trouvés ne le sont que pour une seule région : en quittant la première région de Kyushu par exemple, sachez que vous devrez recommencer la quête des Kodamas dans la région suivante. En revenant remplir des missions à Kyushu, vous bénéficierez toujours sur place des Kodamas que vous y avez trouvé malgré tout.