Cette quête, peu ou proue, est identique pour les trois factions que sont les Miliciens, la CDA et le RDR.

Dans le cadre du Réseau, retournez voir Z1 qui fait mine de travailler dans la salle du téléporteur tout en haut de l'Institut, sortez les crocs pour éliminer tous les synthétiques de garde et les scientifiques, empruntez la seule voie disponible après l'arrivée des renforts en passant par une section abandonnée de l'Institut et faites chauffer votre fusil laser pour occire la pléthore de synthétiques qui peuplent les lieux et détruire les tourelles.

Prenez garde au robot Sentinelle en veille au fond de la pièce qui suit, empruntez la trappe indiquée en vous laissant tomber et rejoignez la section centrale de l'Institut par le secteur biologie. Faites place nette en chassant tous les gardes présents, empruntez l'ascenseur central pour descendre et prendre le chemin des appartements de Père et, avec un Charisme de 10, persuadez ce dernier de vous aider pour pouvoir obtenir un mot de passe qui vous permettra de neutraliser certains synthétiques.

Après avoir débloqué les accès sur ce même terminal, retournez dans l'atrium central pour occire les gardes restants, traversez la zone des systèmes avancés et rendez-vous au réacteur, défendu par de puissants synthétiques très bien équipés. Frayez-vous un chemin jusqu'à la chambre du réacteur pour y planter votre bombe, ce qui aura pour effet de vous téléporter automatiquement dans la salle d'arrivée, parlez au Shaun cybernétique qui apparaît et donnez ensuite le feu vert pour vous exfiltrer. Sur le toit à l'air libre, il ne vous restera plus qu'à dégager le bouton et à appuyer dessus pour détruire définitivement l'Institut.