Les différents biomes présents dans Strandede Deep sont les suivants :

• == Island (Les îles) ==

Les îles sont les refuges du joueur. Elles se composent de plage, de végétation plus ou moins dense et fournissent des ressources limitées qui devront être rationnées. Elles possèdent des espèces de la faune comme les crabes, les poissons de récif et le requin tigre.

• == Shallows (Les eaux peu-profondes) ==

Le biome d'eau peu profonde, est un biome de récif dans des eaux relativement peu profondes. Il est très fréquent, car il est le biome le plus commun aux îles environnantes. Ce biome accueille des poissons, très bonne source de nourriture, mais peut aussi accueillir le requin tigre, une menace potentiellement extrêmement dangereux pour votre survie. Ce biome contient également parfois quelques épaves de bateau même si elles sont plus présentent dans les eaux profondes.

• == Deep Sea (Haute-mer) ==

Le biome Haute Mer est la partie la plus profonde de l'océan. Le fond marin n'est pas en mesure d'être vu par le joueur. Dans ces eaux profondes, vous trouver à la fois le grand requin blanc et la morue du Pacifique, une très bonne source de nourriture. Des mines marines peuvent aussi être aperçues dans ces eaux.

• == Sand Plains (Les plaines de Sables) ==

La plaine de sable est un biome relativement plat qui dispose d'eaux profondes, se terminant sur un fond de sable plat. Il peut accueillir le requin tigre et, lorsqu'il en bordure du biome Haute Mer, le grand requin blanc.

• == Barren (Les terres stériles des eaux) ==

Le biome Barren dispose d'un niveau d'eau relativement profonde, se terminant sur un fond de corail mort et d'affleurements rocheux. Il est relativement dépourvu de vie même si des poissons traversent occasionnellement.