Contrairement a ce que l'on peut penser, cet opus possède un boss final caché. Ce dernier se nomme "Master Core". Il peut être combattu que si vous arrivez a Créa-Main et Dé-Maniaque, en mode classique, en intensité 5,1 ou plus, sans game over. une fois arrivé aux deux mains, diminuez leur PV, vous remarquez que Dé-Maniaque meurt tres tôt puis que Créa-Main se déchire et laisse échapper des particules obscures, ces dernières se regroupent et constituent la première forme du Master Core. Son nombre de formes varie en fonction de l'intensité, elles seront expliqués plus tard il est impossible de deviner son nombre de PV. Comme précisé plus tôt, il dispose de plusieurs formes, elles sont citées en fonction de leur apparition en intensité maximale :

Master Giant

Le Master Giant apparait a partir de l'intensité 7,5. Il a une apparence humanoïde et attaque le joueur en invoquant des boules d'énergies et en déplaçant la plateforme vers ces dernières.

Master Beast

Le Master Beast apparait a partir de l´intensité 6,0. Cette dernière ressemble a un scorpion et dispose de multiples attaques et est très agile, esquivant souvent le personnage.

Master Edges

Cette forme apparait forcément, elle ressemble a une série d'épées qui attaquent de manière rapide et violente le joueur.

Master Shadow

Cette forme apparait aussi dès le départ, elle clone le personnage de manière parfaite et le rend plus puissant, même la personalisation est clonée.

Master Fortress

Cette forme est exclusive a la version Wii U, et n'apparait qu'à partir de la difficulté 8,0. Cette dernière est utilisée pour soigner le Master Core, 3 minutes sont ajoutées au timer pour battre cette forme, elle se bat en explorant la forteresse afin de trouver le coeur, qui est caché, et de le détruire. Après avoir refait cette manipulation 4 fois, la forme est battue

Master core

Ceci est la dernière phase, toutes les particules disparaissent et laissent place au coeur. pour l'éliminer et battre définitivement le boss vous avez 45 secondes pour le frapper et l'éjecter, elle se comporte comme un joueur immobile a l'exception qu'elle revient au centre a chaque coup. si vous avez le malheur de ne pas la battre en 45 secondes, tout n'est pas perdu. elle va s'élever puis lancer, à grands intervalles, 5 ondes vous tuant instantanément, cependant ces dernières peuvent, avec un bon timing, être esquivées comme une attaque normale (le patern est similaire a celui de tabou dans Super Smash Bros Brawl). une fois les 5 ondes esquivées, le coeur s'auto-détruit, vous avez donc gagné. Enfin vous pouvez souffler et raconter que vous avez battu le vrai boss final de ce Super Smash Bros. Félicitations.