Après une scène scène d’introduction mettant en scène un train arrivant dans une gare, c'est aux commandes du SOLDAT repenti Cloud que vous arrivez à quai. Sur place, deux sbires vous attendent. Affrontez-les.

Ceci fait, avancez tout droit et allez sur la gauche. Deux autres SOLDATs vous attendront au niveaux de portiques. Vainquez-les, ce qui permettra à vos coéquipiers de s'infiltrer.

Passez les portiques et empruntez les escaliers de droite. Une fois arrivé à l'étage, suivez l'indicateur d'objectif. Vous y ferez la connaissance de Biggs, Jesse et de leur chef, Barrett, un homme sanguin qui a du mal à vous accorder sa confiance, et ce, dû à votre passé de SOLDAT de la Shinra.

Vous comprenez assez rapidement que Cloud (que vous incarnez) a été sollicité par la troupe afin de faire exploser les réacteurs de mako, jugés comme des catastrophes environementales.

Le temps de débloquer la porte, vous voilà à nouveau seul en combat. Deux hommes et une créature s'apparentant à un chien vous poursuivent. Les quatres autres personnes prennent de l'avance, tandis que vous continuez de peaufiner vos compétences en vous exerçant sur vos premiers adversaires.

En continuant, adressez-vous à deux reprises à Jessie. C'est elle qui est chargée de dévérouiller les portes.

Pour la troisième et dernière porte, Jessie vous demandera d'appuyer sur le bouton situé à sa droite, dévérouillant ainsi le passage en direction du coeur de la centrale.

Arrivés dans la centrale, vous vous retrouvez face à deux SOLDATs. Affrontez-les.

Vous arrivez une nouvelle fois dans un sas vérouillé. Le temps que Biggs de vous libère la voie, récupérez le coffre se trouvant sur la gauche afin d'y récolter une Queue de Phénix.

En route pour la salle des réacteurs, vous échangerez un moment assez dynamique avec Barrett et ses aspirations écologiques, le tout sous la surveillance du grand patron et de son asistant. On apprend alors que nous agissons sous la gouvernance de l'équipe Avalanche.

Vous arriverez dans une pièce où se trouveront des mitrailleuses situées en hauteur. L'arme à feu greffée au bras de Barrett vous sera plus qu'utile. C'est alors qu'il rejoindra votre équipe. Prenez-en le contrôle et, à l'aide de R3, visez et détruisez les tourelles.

En avançant un peu plus, vous vous trouverez face à une pièce remplie de lasers à haute température. Maintenez R1 ou R2 pour sprinter et traverser les lasers au moment où ils sont éteints. Après deux pièces comme celles-ci, continuez de suivre Jessie.

Vous rencontrerez votre première "grosse" créature. Pour la mettre en état de choc et ainsi la vaincre rapidement, prenez le contrôle de Barrett et faites lui atteindre un niveau d'ATB pour lui faire lancer son sort Foudre. Ceci fait, reprenez le contrôle de Cloud et faites un maximum de dégâts. Répétez l'opération autant de fois que nécessaire.

La machine vaincue, avancez et descendez les escaliers. Avant de continuer, récupérez le coffre situé directement à droite, en bas des escaliers. Vous y trouverez un Ether pour restaurer vos PM.

Enfin arrivés à la dernière salle, Jessie s'arrête pour vous laissez continuer et terminer le travail avec Barrett. Vous y rencontrerez quelques machines et aurez l'occasion d'ouvrir un coffre pour y récupérer une Queue de Phénix.

Une fois en bas, il est l'heure de poser la bombe. Barrett teste votre loyauté et vous oblige à poser la bombe, ce que vous faites. Malgré des sortes de flash back semant le doute dans l('esprit de Barrett sur vos intentions, vous posez enfin le matériel et décidez du temps avant que celui-ci n'explose.

Vous n'aurez malheureusement pas le temps de l'activer puisque vous faites déjà face au Scorpion Gardien, premier boss de votre aventure.

Une fois vaincu, le Scorpion Gardien explosera, ce qui déclenchera le compte à rebours que vous aurez choisi auparavant. Il est l'heure de fuir.

Vous voilà embarqué dans une course contre la montre pour refaire le chemin en sens inverse, et surprise, quelques ennemis vous attendent.

A l'aide de Cloud et Barrett, faites votre possible pour venir à bout des vagues d'ennemis régulières, le temps file.

Une cinématique se lance et on aperçoit l'homme mystérieux qui ordonne à son assistant de (finir de) tout détruire. Les machines encore fonctionnelles tirent sur tout ce qui bougent et iront même jusqu'à s'entretuer. Etrange comportement.

Vous finissez par sortir à temps de la centrale qui explose en plein coeur de la ville, occasionnant au passage de multiples de coupures de courant.

L'action prend fin sur des flash-backs de Cloud, venant ainsi clore la première mission.