Shenmue et sa suite regorgent de quêtes parallèles et Shenmue III suit le même chemin. Néanmoins, ces quêtes ne se déclenchent plus de la même manière. C'est en explorant les divers environnements que vous allez, au détour d'un sentier ou d'une rue, rencontrer des individus qui ont besoin de vos services. Ce besoin se matérialise immédiatement par une indication à la fois sonore et visuelle. Sur l'interface, un bouton jaune surmonté d'un point d'interrogation apparaît pour vous signaler la présence d'une mission secondaire. Il suffit alors d'appuyer sur le bouton carré (ou X) pour lancer la conversation avec la personne dans le besoin. Ces évènements interviennent à des moments précis et il est donc probable que vous en ratiez lors de votre premier run. D'où l'importance, dans Shenmue III, de flâner, de visiter les lieux, de prendre le temps de parler avec la population locale.