Avec l'aide de Tim Goodman, le fils de l'humain qui l'avait épaulé dans ses précédentes aventures, Pikachu va devoir élucider de nouveaux mystères à Ryme City. Et bien sûr, la présence de Pokémon alliés risque de sérieusement pimenter le déroulement de cette suite pour permettre à l'étrange duo de mener à bien sa mission.