Mark of the Ninja a été l'une des grosses sensations de l'année 2012 et les développeurs de Klei Entertainment ne comptent pas s'arrêter là. Ils annoncent ainsi une Edition Spéciale à paraître prochainement sous la forme d'un DLC PC et 360 (prix encore inconnu). Le contenu supplémentaire comprendra un nouveau niveau flashback permettant de se plonger dans les événements en amont de l'histoire principale. De nouvelles habilités seront offertes au héros ninja, dont des approches non mortelles. Deux nouveaux objets pour la furtivité et le combat seront aussi donnés et pourront être utilisé dans l'intégralité du jeu, et pas simplement dans la nouvelle zone. Enfin, Klei s'est permis d'ajouter de nombreux commentaires de l'équipe durant le jeu, pour partager des anecdotes ou expliquer le développement. Ceux-ci seront traduits en français.
