Au niveau des nouvelles fonctionnalités, cette extension introduira un système d'alignement qui permettra aux joueurs "d'explorer les frontières entre le bien et le mal". Concrètement, les super-héros auront la possibilité de devenir des super-vilains et vice versa, permettant ainsi aux héros de se rendre dans les Insoumises et aux vilains de s'aventurer dans Paragon City. Going Rogue introduit également deux personnages fictifs principaux, représentatifs de ce changement d'orientation dans l'histoire du jeu : Maelström, un super-héros armé d'un pistolet qui est passé dans l'autre camp, et Desdemona, un super-vilain invocateur de démons qui s'est racheté.