Dénommée Hydra, cette opération n'est accessible que sur PC, et raconte comment les soldats de Blackwood ont capturé l'unité Vega-5 et l'agent Noda. Ces derniers étaient parvenus à endiguer l'extermination des colons sur Mars, mais sont désormais retenus sur une base navale mobile.

Pour régler le problème, les joueurs partent aux commandes de l'unité Sigma-3, mais arrivent sur place en ayant été repérés. Pour réussir la mission, il devront défendre un terminal particulier et résister à 20 vagues d'ennemis, composés de robots et de mini-boss. Au bout du chemin, les joueurs trouveront un ennemi tout particulier, faisant office de boss.

Cette nouvelle mission PvE est également l'occasion d'introduire de nouvelles mécaniques et éléments de gameplay. Ainsi, les joueurs doivent se présenter en équipe, les récompenses dépendent du nombre de vagues repoussées, tandis qu'une série d'armes "Hydra" ont été ajoutées. Elle comprend un certain nombre d'armes populaires reskinées, adaptées aux différentes classes.