Sur l'ISS, ils se réfugient dans les vaisseaux, le Soyouz qui les emmène est conçu pour protéger des radiations même d'éruption solaires.
Sur une mission vers Mars ou Vénus (l'idée est la même), en partant sur le concept que le vaisseau ressemble à ça :
Il suffira de se réfugier à l'intérieur des capsules qui seront suffisamment renforcées pour les protéger.
Après, c'est la solution de dernier recours, je pense qu'il est préférable (si possible) de se réfugier derrière la planète (en modifiant l'orbite pour s'y trouver au bon moment), bien que je ne connaisse pas l'efficacité de cette méthode, étant donné que les champs magnétiques de Vénus et Mars sont quasiment nuls.
Plonger dans l'atmosphère est une mauvaise idée, car pour en ressortir il faudrait consommer du carburant, ainsi que durant toute la manœuvre pour compenser la traînée atmosphérique.
En tout cas, en l'absence de corps céleste (et de champ magnétique) derrière lequel se réfugier, la solution la plus simple reste le blindage du véhicule, soit avec des capsules blindées, soit en employant l'eau consommée par l'équipage comme blindage (en le faisant circuler à l'intérieur des parois extérieures du vaisseau) un peu comme dans les piscines de stockage de combustible nucléaire.