Je ne suis pas sûr de bien comprendre ce que tu souhaites faire.
Tu veux juste faire un programme qui remplace 50000+ de lignes d'un fichier, en les 500 dernières sur ce même fichier ?
Si oui, tu pourrais très facilement le faire en bash (en une ligne), si ça t'intéresse dis le moi, autrement, en python, algorithmiquement, il te suffit juste de garder dans un double tableau tes lignes, close ton fichier, le réoppen avec le flag "w+" et tout réécrire.
Mais encore une fois je ne suis pas sûr d'avoir bien compris ce que tu voulais faire.