Avec la CDA c'est la quête "butin de guerre" qu'il ne faut pas faire.. le moment où ils te demandent d'aller à Mass Fusion pour récupérer l'agitateur de Béryllium. C'est la que tu deviens ennemis de l'institut. Juste avant tu auras la quête "réflexion tactique" qui te demande de détruire le réseau du rail (ne pas parler au capitaine Kells après la mission concernant le paladin Danse... Si tu ne veux pas détruire le réseau du rail de cette façon).
Avec le réseau du rail, tu seras rapidement ennemi de la CdA après la quête "l'espion sous terre"... Tu auras la quête "la guerre est à nos porte" (ennemi de la CdA), puis "Opération lumière rouge" (détruire la CdA) puis "le choix du nucléaire" (trahir l'institut)...
Normalement un message te prévient à l'écran quand tu fais un choix de faction cruciale (mais j'ai précisé car tout n'est pas signalé, comme le moment ou la CdA t'obliges à détruire le réseau du rail sans crier gare).