Vas y tranquillement.
Perso, à chaque fois que j'ai passé un palier "important", je crafté les éléments à la mano (à condition d'avoir au moins la majorité des éléments intermédiaire automatisés).
Dès que possible, je me monte une usine "temporaire" (pas optimisé tant d'un point de vue rendement qu'organisation) histoire de commencer à produire les éléments du palier. Une fois le palier maitrisé (avoir une bonne vision de quoi et comment faire, généralement au palier suivant), j'attaque une vraie optim.
Hésite pas aussi à repartir sur une usine annexe. Pour l'exemple que tu donne, trouve un spot à l'écart de ton "usine principale" avec les ressources nécessaires pour t'organiser pépère sans casser ce que tu as fait avant.
Mais bon ! Sache qu'avec les évolutions des bâtiments de minage + la possibilité de les booster avec les limaces, tu risques de revoir encore et encore ton organisation de ce que tu crois être ton usine de la mort
Bref ! Faut y aller tranquillement (faut pas se lancer tête baissé), s'étaler le plus possible sur la map (étages, annexes, etc... ) et petit à petit tu feras ton trou
Pour ma part, c'est comme ça que je vois les choses, j'ai pas mal d'usine annexes, je laisse la place aux évolutions des mineurs (genre quand tu passe ton mineur T2 de 100% à 200% de prod, il faut tout autant doubler les fonderies et c'est là que je me laisse de la marge, genre, je sais que je produit pour 8 fonderies, je sais qu'à terme, je devrais avoir 32 fonderies et je reparti mes prods dont j'ai besoin et les prod à venir, quitte même à laisser des "sorties" de groupe de prod sans issue)