C'est difficile de les comparer: j'ai personnellement préféré XCOM, parce qu'au niveau de l'immersion, il a été plus efficace sur moi. Ajouté à ça une difficulté impitoyable, mais juste (sauf au niveau des pourcentage de précision des tirs, ils sont complètement dans les fraises au niveaux de difficulté supérieurs), j'ai pris un pied d'enfer sur XCOM qui est dans mon top de mes jeux préférés.
Pour ce qui est du challenge, je dirais qu'ils sont opposés: XCOM démarre avec une difficulté TRES élevée en début de partie, qui va en diminuant de plus en plus au fur et à mesure que tu développe tes technologies, alors que Valkyria démarre (trop) en douceur pour proposer des défis corsés seulement en fin de partie. La logique de Valkyria est plus "naturelle", mais personnellement je l'ai trouvé du coup lent a démarré, et m'a laissé la fausse illusion d'être un jeu pour les T-RPGistes du dimanche.
Détails important aussi que je n'ai pas mentionné ici: VALKYRIA A DES WAIFU! Oui, oui, c'est un argument à prendre en compte!
Bref: les deux jeux sont cool, alors je te conseille de faire les deux, d'autant que tu peux les avoir pour pas cher.