Pour le virus oui, ça fait partie du plan des entités mécaniques pour pouvoir éliminer le groupe YoRah le moment venu..
Je ne sais pas trop pourquoi ils voulaient les détruire, peut être par peur que YoRah finisse par éradiquer les machines ? Je pense que pour les machines ça a aussi un intérêt, autant que les androides, sinon elles se déconnectent du réseau comme on peut le voir a divers moment dans le jeu, voir elles se suicident car elles n'ont plus de but dans la "vie", du coup N2 fait absolument tout pour ne pas que les machines tombent dans la décadence en entretenant le mythe de cette guerre.
Du moins c'est ce que je pense perso ^^
A la fin D oui les machines changent totalement leurs plans, d'ailleurs on apprend hors du jeux dans la timeline que les machines entrent en guerre civile environ 900 ans après la 14ème guerre ( la ou je le jeu commence )
si tu veux en savoir plus :
11946 NieR:Automata World Guide - 9S is discovered in the Factory Ruins.
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9/2 Weapon Story: Emil Heads
Level 1 I confirmed that the machine lifeforms released by the aliens have reconstructed their network. I’ve started to see units with gravity-controlling capabilities again as well.
10/15 Weapon Story: Emil Heads
Level 2 I was spawned about a week ago, so I don’t have clear recollections of anything before that. Say, I wonder where the Original disappeared to all those millennia ago…
12/14 Weapon Story: Emil Heads
Level 3 I confirmed that the 25th one born after me has stopped his biological activity. Although we’re technically immortal–since we can respawn indefinitely and all–we’re still not exempt from death.
12423 1/19 Weapon Story: Emil Heads
Level 4 Our memories are only copies, so they’re pretty vague. That android wearing black… I have the feeling I’ve met her before. She had a complicated look on her face, but I can’t remember anything..
12530 "Nobles" form among the "machines" Groups of "nobles" form within the ranks of machines.
12543 Civil war breaks out among the "machines" Civil war breaks out among the machines. Not including machines that went mad, this marks the first time there has ever been a division among the machines.