Une bonne piste, c'est de suivre tes design patterns.
Par exemple, si tu suis le pattern MVC (Model-View-Controller), c'est déjà une façon logique d'organiser tes fichiers de classes dans des dossiers.
Personnellement, sur une app node, j'ai souvent cette structure :
- controllers
- core (outils, classes de connexion, config, etc)
- models
- routes
- views
Le tout divisés en sous-dossiers pour s'y retrouver (admin, public, admin/users, etc...).
Il n'y a pas vraiment de "bonne" façon, l'important c'est de bien s'y retrouver.