Bonjour.

Pourquoi Desmond tue Lucy ?
Plusieurs suppositions à cela :

Junon et les Anciens savent que Lucy Stillman (alias Kristen Bell) est en fait la réincarnation de Eve, mais qu'elle est passée du côté obscur en devenant un Templier infiltré, un double-agent à la solde d'Abstergo. Cette théorie est renforcée par le fait que dans le générique de fin, on entend des voix (possiblement celle du scientifique Vidic d'Abstergo vu dans le premier Assassin's Creed) enlever Desmond alors qu'il est inconscient. Mais on peut aussi supposer que la voix est celle de William, un des pontes des assassins lu dans certains e-mails.
Desmond doit se libérer des attaches créées pour évoluer en temps que sur-homme, en tant qu'élu héritier. Il doit se défaire de toute contrainte pour sauver les hommes, et Lucy est celle avec qui il avait le plus d'affinités et à qui il fait le plus confiance (cf. notamment le début d'Assassin's Creed Brotherhood et bien sûr les 2 premiers épisodes, puisque c'est toujours elle qui le sauve et s'occupe de lui).
Il est aussi possible que les Anciens soient les vrais méchants de l'histoire et manipulent autant Templiers qu'Assassins pour redevenir maîtres des humains. Auquel cas Lucy serait une descendante d'Eve et Junon la ferait tuer par Desmond (descendant d'Adam) pour éviter qu'ils n'obtiennent trop de pouvoir.
Selon les indications données à Desmond par le Sujet 16 (en trouvant les 10 failles et en retraçant la solution aux 10 fragments), Lucy est clairement une menace, sans doute une traitresse. Cela est à rapprocher du fait que, quand on sort de l'Animus pendant les séquences 6 et 7, Lucy n'est plus à son poste dans le sanctuaire et, si on sort de la villa et qu'on active la vision d'aigle, on voit des traces de pas en rouge (couleur des Templiers) qui sortent de la villa pour aller dans Monteriggioni...
Enfin, la dernière possibilité est que Desmond n'ait pas poignardé Lucy. Ou alors pas encore... Car selon ce qu'on sait, la Pomme d'Eden permet à son possesseur d'afficher des illusions (la multiplication des Altaïr devant le boss du premier jeu) ou de voir dans le futur.

Le trophée / succès lié au Sujet 16 est en morse. En le décryptant, on obtient la phrase "I am alive" ("je suis vivant"). En résolvant tous les mystères de ses fragments, on découvre le message "le miracle est dans l'exécution" (celle de Lucy ?).

Il y a fort à parier que le(s) prochain(s) lieu(x) où se situera l'action seront liés aux tombes où découvrir les autres fragments d'Eden. Il est également très probable que l'on se rapproche du Sujet 16, et pourquoi pas le jouer. Mais il est quasiment acquis que le sujet 16 est vivant, coincé dans l'Animus. Il s'est retrouvé piégé dans la machine et a mis en scène sa mort dans le monde réel (seuls quelques employés d'Abstergo, dont Lucy, savent ce qui est advenu de son corps). En tout cas, Desmond devra se mettre en quête de l'ADN d'Eve, c'est à dire sa descendante, une Assassine qui l'aidera à sauver le monde (si ce n'est pas Lucy).

Desmond donc, avec la Pomme d'Eden en sa possession, devrait obtenir de nouvelles capacités qui le rendront beaucoup plus puissant. C'est le fameux sixième sens dont parlent les Anciens : le savoir, la connaissance. D'autre part, on devrait avoir plus d'informations sur son fils ou encore sur le soleil (d'après les pistes données par le Sujet 16). On pourrait même imaginer que Lucy était déjà enceinte de Desmond et que les Anciens ont fait tuer l'embryon du fils qui aurait représenté un danger pour l'humanité.