La pièce "maitre" de ton 2ème vaisseau (celle qui en cas de click dessus déplace tout le vaisseau) semble être le pod "cockpit linéaire mk1" ! Ses 2 points d'ancrages sont pris (par un cône aérodynamique d'un coté et un réservoir de l'autre) c'est donc normal que ton vaisseau ne "colle" pas.
Tu dois éditer le petit vaisseau puis rerooter (l'outil en forme de Z avec des carrés) celui ci sur une pièce qui possède un point d'ancrage ( le découpleur sous le réacteur d'après ton screen) qui du coup deviendra la pièce "maître", puis sauvegarder dans le sous assemblage.
J'espère que c'est compréhensible, c'est pas très facile à expliquer