Tu décris un soucis des plus bizarres... un jeu ou un programme informatique n'est pas censé corrompre ses données.
Faut essayer d'isoler ce bug, ca m'étonnerait qu'un virus s'amuse à foutre la merde juste dans KSP en cours de fonctionnement.
Peut être que c'est lié à ta sauvegarde... que se passe t'il si tu joues 20 min sur une nouvelle sauvegarde ou dans un scénario ou dans une mission si tu as le DLC?
Quel volume la réparation du jeu via steam télécharge t'elle ?
Il est envisageable de forcer les fichiers du jeu en lecture seule mais bon c'est tordu comme plan.
Essaye aussi en déplaçant tout le dossier KSP de steam et en re-téléchargeant tout le jeu. Si ça se reproduit sur un jeu tout juste installé sans sauvegarde bah c'est que c'est un soucis en dehors du jeu.