En gros à travers les autopsie et les missions, tu es censé comprendre que les Aliens ne sont pas une seule et même race : il y a une race dominante qui a asservie et modifier d'autres espèces pour parvenir à ses fins.
Cette espèce, ce sont les Ethérés. Et cette "fin" on ne la connaît pas mais il semblerait que cela implique la création d'un "être parfait". Cet être parfait, les Ethérés ont essayé de le créer au sein de toutes les races qu'ils ont asservies, mais à chaque fois cela s'est soldé par un échec et ils se sont donc contenter de réduire l'espèce en esclavage et de s'en servir comme arme dans leur grand projet.
En arrivant sur Terre, ils veulent la même chose : tester l'humanité pour voir si elle peut être l'élément manquant à la création de l'être parfait. En tenant tête à l'envahisseur, tu montres aux Ethérés que tu es supérieures aux autres races (qui elles se sont faites dominer) et à un certains moment tu crées ton premier psyonique.
En créant un psyonique, tu crées sans le vouloir un "bouillon" de cet être parfait que les Ethérés veulent créer. C'est pour ça que quand tu leurs envois ton super psyonique, ils te disent que c'est leur "Espoir". Parce que le fait qu'il existe leur prouve qu'ils sont pas loin de réussir.
Manque de bol pour eux, le super psyonique ne se laisse pas corrompre et sacrifie sa vie pour détruire le vaisseau mère Alien. Ce qui met fin à l'invasion, détruit ce proto-être parfait et, possiblement, détruit les Ethérés, mettant un terme à leur quête.
Le fait qu'on ai jamais su "pourquoi" ils cherchent à créer un être supérieur c'est un petit trick narratif pour se laisser une porte de sortie pour la création d'une suite directe en mode : "la menace que les Ethérés voulaient contrer arrive."
C'est comme ça que j'ai compris le scénar d'Xcom perso.