Bon j'ai trouvé une solution après des heures de recherche et de patience.
Je pense que mon erreur a été d'avoir écrasé la sauvegarde de mon premier run quand j'ai voulu lancé une partie en NG+.
Je suis allé dans les paramètres de la ps4 puis dans "gestion des données d'application sauvegardées". De là j'ai téléchargé la sauvegarde de mon premier run (qui date de 2015).
Ensuite dans le jeu j'ai chargé cette sauvegarde, chose étrange, dans les statistiques ça m'indiquait 135/141 alors qu'en 2015 je n'avais pas quasiment rien ramassé. Je pense que ça m'a pris en compte les objets de l'autre sauvegarde (celle du NG+)
Et quand je vais dans les chapitres du menu principal je vois qu'il me manque 5 manuels et 1 bd (comme c'était le cas lors de ma partie en NG+)
Comme par exemple, pour la banlieue j'avais 1/2 manuels d'entrainement trouvés.
J'ai lancé ce chapitre et comme par magie le manuel est sur l'étagère alors que sur ma save plus récente, celle en en NG+ il était invisible. J'ai ainsi pu le récupérer, de même que les autres manuels et bd qui avaient "buggué" lors de ma partie en NG+
Allez plus qu'à faire le mode réaliste