Pour gérer les agents ennemis, à mon avis le mieux c'est de mettre un mod qui les vire.
Autant je les trouvais super intéressants et très équilibrés dans Shogun 2, autant là ils sont pas terribles et incroyablement casse-couilles dès que t'as 2-3 factions en même temps contre toi dans la même région...
Et les mecs qui "sortent de nulle part" juste à côté de tes villes, comme par hasard quand tu les quittes, ou quand tu viens juste de les prendre, ce seraient pas des rebelles par hasard ? C'est normal qu'ils apparaissent au niveau de ta ville si ils en viennent XD
Surveille toujours l'ordre public, quand il arrive à -100 t'as une rébellion. Sachant que t'as -40 quand tu rases une ville en l'occupant, ça chute vite en conquête rapide. Idem quand une armée quitte une ville, sachant qu'elle pouvait apporter un bonus important (en particulier si t'as un général qui encourage l'ordre public, notamment si il a déjà célébré un triomphe).
Sinon l'ennemi peut cacher des armées et les faire apparaitre au moment propice, mais ça m'est quasiment jamais arrivé de pas les détecter avant qu'elles arrivent dans mon territoire alors que j'avais une armée à la frontière, donc ça m'étonnerai vraiment que ça t'arrive si souvent. Je suis à peu près sur que ce sont des rebelles.