Oui, si tu veux faire de la blitzkrieg en territoire adverse, tu rases, tu pilles, tu subjugues et tu libères, mais tu n'occupes pas.
Si tu veux occuper, alors tu prévois un peu le coup avant. En vrac, quelques trucs : tu fais suivre une petite armée "low-cost" (tu repousses aisément des rebelles avec quelques lanciers) au cas où tu aurais besoin de faire bouger ton armée conquérante rapidement, tu prévois un bon gouverneur que tu mettras en poste pour la région nouvellement conquise, avec en prime un petit décret pour propager ta religion, et tu ramènes une prêtresse (ou équivalent; bref ni l'espion ni le champion) que tu déploies sur la région, et qui te rapportera de bon bonus d'ordre public et de propagation de ta propre religion.
Mieux vaut réfléchir et mieux se préparer encore quand tu vas conquérir plusieurs villes d'une même région; les malus de conquête s'additionneront MAIS PAS celui d'instabilité. En gros, si tu conquiers une ville : tu as -20 par le malus de conquête + -15 d'instabilité. Le -20 disparaîtra au prochain tour, le -15 diminuera d'1 à chaque tour. Si tu conquiers deux villes dans le même tour, tu auras un malus de -40 + -15. MAIS si tu conquiers une ville de la même région 8 tours plus tard, le malus d'instabilité repassera de -7 à -15.
Bref, conquérir plusieurs villes d'une même région te fera prendre une révolte presque forcément, mais une fois celle-ci écrasée, la région sera pacifiée plus rapidement. C'est à voir selon tes moyens.
Laisser éclater une rébellion peut aider aussi. La ville gagne +20 d'ordre public le temps de l'insurrection. Tu laisses la rébellion grossir jusqu'à ce qu'elle t'attaque... et que tu l'écrases. Ainsi, une ville va regagner beaucoup d'ordre public de cette manière. Si tu es à -95 avec une remontée de 1 ou 2 par tour, ça peut être judicieux de profiter de ce petit "coup de pouce".