Oui c'est normal. Lors de la mise à jour les fichier qui ont été remplacé par le patch US doivent être retélécharger.
Le patch US classic et le large files ne font pas plus d'une centaine de Mo, par contre le story patch lui est énorme. Tu ne devrais pas utiliser le story patch si tu veux avoir des mises à jour plus petites. Après il y'a peut être la possibilité de restaurer les fichiers remplacé en faisant une sauvegarde, je sais que l'Arks-System Tool le fait (mais ne supporte pas le story patch) mais peut être que le Tweaker ne le fait pas.
Une autre raison pour ne pas utiliser le story patch est qu'il a tendance à créer des écrans noir sur certaines cinématiques. C'est la raison principale pour laquelle ce patch n'est pas supporté par l'Arks-System Tool.
Si tu te sens de gaspiller beaucoup d'espace disque tu peux aussi copier ton dossier de PSO2 à la main pour faire une sauvegarde avant qu'il soit patché et le restaurer avant chaque mise à jour ou sauvegarder les fichiers que les patchs vont remplacer (l'idéal serait de scripter ça).