Le mieux que tu puisses faire c'est de sélectionner juste les fonds marins (couche 63 à je sais pas quelle profondeur tu veux) et faire //regen. De cette manière seule ta sélection sera regen. Néanmoins ça reste risqué puisque dans ce cas WE regen entièrement les chunks, puis replace après les zones non sélectionnées par le terrain tel que tu l'avais laissé; cela signifie que si ton serveur crash en plein regen, il ne pourra plus remettre les blocs des zones à conserver. Inutile de préciser de faire un backup complet de ta map avant une telle opération.
WE calcule les regen en fonction du seed de la map, donc si tu as créés tes fonds toi-même, cette solution ne fonctionnera pas comme tu le souhaites car il remettra les fonds selon le seed...
Autre truc, mais là je n'en sais rien car je ne l'ai pas encore fait, mais niveau génération des biomes, je ne sais pas si la 1.13 conserve les biomes tels qu'ils étaient, à leur place. Ce serait con de te retrouver avec une montagne ou un désert en plein milieu de ton océan... certains ont-ils testés cela?