Alors, en fait, c'est un peu compliqué...
Le plus simple :
"L'inconnu" dans KH FM, soit Xemnas. Lui est canonique, on en a la preuve ultime dans KH II vu que sa rencontre fait partie des souvenirs de Sora, alors sous forme de rêve pour Roxas.
De plus, c'est suite à cette rencontre que Xemnas a puisé quelques souvenirs en Sora, ce qui est contribué à la création de Xion.
Par contre, les autres....
La Volonté Persistante : le personnage est canonique mais le combat l'est-il ? Difficile à dire pour le moment... Si on en juge par la version roman, oui, c'est à prendre en compte. Ceci dit, je n'affirmerai pas que la version roman est une source fiable... J'ai lu les romans de KH I et ça se voit que c'est écrit par quelqu'un qui ne connait pas bien les personnages (Riku qui s'agenouille devant Maléfique pour lui faire un salut.........) et peut faire de belles bourdes (Aladdin porterait des chaussures et Pluto est "marron"....)
L'inconnu de BbS, soit Xehanort Jeune : on nous a confirmé que c'était canonique mais...dans quel sens ? Le personnage l'est, c'est sûr. Mais le combat ? Ou plutôt, les combats ? Sont-ils canoniques ? Ou seulement certains d'entre eux ? Ou aucun ? Est-ce que la présence du personnage à la Contré du Départ est canonique ou c'est vraiment juste le personnage qui l'est ?
Là aussi, on n'a pas assez d'éléments pour trancher.
NoHeart et l'Armure d'Eraqus ont été confirmé comme étant non canoniques. Logique, ils sont dans l'Arène des mirages. Mais je pense que ça concerne uniquement les combats. A priori, l'armure d'Eraqus est vraiment celle qu'il porte. Et NoHeart...Soit c'est vraiment l'Amure de Xehanort ou peut-être carrément un nouveau personnage ?
Pour les autres... A priori, non, ils ne sont pas canoniques. Mais seulement a priori.