Les deux : Yosemite et El Capitan sont des versions de OSX, El Capitan étant la version qui suit Yosemite, et qui, au vu de son contenu, est considérée comme une belle mise à jour de Yosemite, qui traînait quelques méchants bugs et imperfections.
À priori, tout ce qui tourne déjà sur Yosemite tournera sur El Capitan, avec le petit bémol que certains programmes nécéssiteront une mise à jour pour fixer certains bugs (je pense notamment à Adobe CC qui a encore quelques problèmes).
Du coup, même si El Capitan est déjà très stable, je te recommande d'attendre un petit peu, genre une ou deux semaines, pour faire la mise à jour.