Pour avoir fait le transfert d'une 3DS XL vers une New 3DS XL il y a quelques jours, je peux confirmer que tout est bien transféré; jeux téléchargés, paramètres, données personnelles, sauvegardes, ect...
Par contre suis bien la procédure indiqué par l'assistant de transfert (si tu veux changer de SD, il faut utiliser la méthode "transférer à l'aide d'un Ordinateur", et faire le transfert d'une carte à l'autre une fois demandé).