En gros ton problème c'est que les archives des mods contiennent toutes des dossiers "meshes", "texture", "menu", etc, et tu crains de tout écraser ?
Eh bah c'est simple : Tu t'en fous, et t'écrases tout. 'Faut juste faire attention à ne pas mettre deux mods qui changent les mêmes parties du jeu, à moins de savoir ce qu'on fait.
Au pire si les messages de windows te disant que tu vas écraser des trucs te font peur, fais un back-up des dossiers meshes et textures, et tout le reste qui te semble utile (pas tout le data ça sert à rien).
De toute manière ton installation de fallout ne craint rien, tout ce que doit contenir le dossier Data pour que le jeu de base fonctionne sont :
Fallout3.esm
Credits.txt
Fallout - Meshes.bsa
Fallout - Misc.bsa
Fallout - MenuVoices.bsa
Fallout - Textures.bsa
Fallout - Sound.bsa
Fallout - Voices.bsa
Dossier Music (ambiance uniquement, la radio est dans le sound.bsa)
Dossier Video
Dossier Shaders les mods ne touchent pas ces deux derniers dossiers.