Fais des sauvegardes rapides le plus souvent possible, genre toutes les 30 secondes.
Ca plantera, tu relanceras le jeu directement.
J'ai aussi ce problème mais ça se calme après l'Endar Spire (phase pas très longue donc ça va). Comme je l'ai dit, il faut prendre l'habitude de faire des sauvegardes rapides.
Je n'ai jamais trouvé de solutions définitives. Bon après je connais super bien le jeu et je sais où la plupart de ces bugs sont. Du coup je sais quand sauvegarder, la plupart du temps...
En bref, sauvegarde rapide (Touche F4 ou F5 je ne sais plus, dans les options), ça prend une seconde et ça t'évite bien des problèmes.