Salut,
Chemsketch est en effet le logiciel gratuit le plus utilisé je pense, et fait très bien l'affaire dans la majorité des cas.
Après, tu as aussi Chemdraw, qui lui est payant mais dont une version d'essai peut être téléchargée et qui est tout de même bien plus complet, et permet des options de recherche plus avancées (en dessinant une structure moléculaire, tu peux voir les publications qui incluent cette structure, avec le plus souvent les voies de synthèse possibles).
http://scistore.cambridgesoft.com/chemdraw/
Sinon, il y a aussi ces freewares, à toi de voir si l'un te semble intéressant (descriptif en anglais).
http://www.sciencegeek.net/Chemistry/chemware/chemware.shtml
Voilà, bonne chance!