J'ai décidé de synthétiser la principale théorie du scénario du jeu, d'apporter ma théorie argumentée sur le vendeur de masque, et des liens vers les analyses les plus développées du net pour pousser le raisonnement et mieux comprendre le jeu. Bonne lecture

Le jeu se déroule dans une dimension parallèle, accessible par les bois perdus. Seuls Skull Kid et Link y ont accédé, ils sont les seuls à provenir d'Hyrule.
La genèse de Termina est liée au mythe de la tour de Babel, avec la Stone Tower (voir mon lien en bas pour plus d'infos). Les habitants ont défié les Déesses, et les représailles sont la confusion qui règne maintenant parmis eux. En effet les habitants de Termina ne se comprennent plus et manquent de confiance mutuelle, d'espoir, et de volonté. 
Les Déesses ont également fait relier la Stone Tower au lieu d'emprisonnement du Démon Majora, dans le désert où se trouve le ver géant (cf les pylônes representant le masque). Ce Démon avait été invoqué et créé il y a bien longtemps, selon moi, par les twilis (il y a bien une grande similitude avec le masque de TP, et c'est bien une tribu ancienne maîtrisant la magie noire, expliquant leur bannissement.) Ainsi, quiconque défiait les Déesses à nouveau en accédant au sommet de la tour, se retrouverait face au Démon scellé.

Maintenant ma théorie sur le vendeur de masque. Il semble en effet qu'il ne soit pas tout a fait humain : il peut disparaître. D'ailleurs il est le seul a ne pas craindre la mort. 
On sait que les enfants sur la lune sont des représentations du vendeur. 
Enfin,  il a le visage de Myamoto. Pour moi, le vendeur de masques, c'est l'essence, le centre du jeu (même sa position dans Termina est le centre parfait). C'est Myamoto qui te parle, qui te teste. Il te fait aussi te remettre en cause (les questions sur la lune), te fait sauver le Monde, te pousse à aider les gens, et à la fin, dispense même la morale de l'aventure. Tout ça est un jeu, un test pour lui.

Donc voici ma théorie. Il a récupéré le masque de Majora dans ce qui est devenu le repère du vers géant. Il a pû le garder un moment. 
Puis, c'est lui qui teste la population de chaque contrée en y laissant un masque, libérant un démon dans chacune, et endormissant les Géants protecteurs.
D'ailleurs le ver se retrouvant à l'endroit quasi certifié où reposait le masque de Majora, on peut dire qu'il n'existait pas avant que le vendeur de masque n'aille y chercher le masque de Majora... Il aurait déposé le masque du Twinmold en partant.
Skull Kid particulièrement touché par la perte de ses amis, vole alors le masque de Majora  (le vendeur a peut-être laissé un peu la chose se passer...). Skull Kid rentre sous  l'influence du démon et fait tomber la lune.

Ce qui me fait penser que ma théorie est vraie:
L'intime lien entre les vendeur de masque et ces masques de démon, sur la lune. Seul le masque de Majora semble dépasser la puissance du vendeur de masque, l'enfant est isolé et n'est pas serein comme les autres.
Sur Terre et sur la lune, il teste les gens de chaque région. Même si sur la lune c'est plus enfantin et onirique, comme son apparence, et donc sous la forme de jeux et de questions.

Quand link arrive à Termina, c'est lui qu'il teste alors en particulier. Et le but n'est pas juste de ramener le masque de Majora, mais c'est aussi d'aider les gens, en faisant tomber leur masque (il le dit d'ailleurs à la fin du jeu, il mentionne l'aventure, et tous les gens qu'on a aidés.) D'ailleurs si on a aidé tous ces gens, et qu'on lui apporte la preuve avec les 24 masques, alors il nous permet de détruire hyper facilement Majora grâce au masque d'Onilink. Puisqu'on a complètement réussi le test. Il peut alors disparaître, sa mission à Termina est terminée. 

Voilà voilà. Mis à part ça, le jeu est bourré d'autres secrets. Regardez Majora's mask secrets sur youtube, par exemple : http://www.youtube.com/watch?v=fczFOsrdOrE
Ce jeu mêle scénario implicite, messages cachés, thèmes à trouver soit même... Tout ça dans une même aventure, le tout avec une énorme dose d'Humanité.

Une exemple de thème très intéressant : la construction du jeu est basée sur les 5 phases de la Mort et du Deuil. 

1-le déni : ClockTown, et le carnaval qui n'est pas annulé. Personne ne veut croire à l'apocalypse (même la musique.)
2-La colère : Les Mojo déchargent leur colère sur le singe, alors qu'ils savent qu'il est innocent
3-Le marchandage :  Le chef Goron qui demande si on peut le ramener à la vie. Le village qui demande son retour contre des choses irréalistes.
4-La dépression : Les Zoras après la perte de Mikau. La musique. Ruto. Tout.
5-L'acceptation : Tous dans Ikana sont familiers avec la mort. Les Garos, les Stalfos... Ceux du fort acceptent de disparaître à jamais après être vaincus.

Un thème comme celui là n'est pas que de la fan-théorie, il y a trop de preuves pour que ce soie une invention des joueurs.

Si vous avez aimé et que vous voulez plus d'infos encore, ou sur d'autres thèmes développés dont je n'ai pas le temps de parler même si tout aussi  interessants (l'enfance et le passage à l'âge adulte par ex...), voici des liens :

http://dreamnoid.com/articles/zelda-majoras-mask-le-jeu-cruel-des-enfants-et-les-regrets-de-ladulte/
http://www.zeldainformer.com/news/themes_in_motion_majoras_mask_and_the_five_stages_of_grief
http://www.zeldainformer.com/news/the_message_of_majoras_mask1

Bref, une conclusion : ce jeu est une oeuvre d'art. Un chef d'oeuvre. Et mon jeu préféré. Voilà

De plus, si vous préférez voir le vendeur de masque de façons plus terre à terre, c'est Myamoto.

Il apparaît au début du jeu, te piège dans un univers vraiment étrange, son univers, son jeu. Et t'ordonne de le faire, en empêchant l'apocalypse sur ce Monde
Il te fait faire les donjons qu'il a lui même créés, en y plaçant les masques des démons.
Il te pousse à aider les gens, résoudre leurs problèmes via les masques.
Il te questionne sur tes motivations, ta philosophie, via les enfants de la lune.
Il te donne la morale de fin d'histoire.
Il disparaît de ce Monde une fois que tu as terminé le jeu. Sans doute pour aller vers d'autres univers, comme le montre ses autres masques, dont celui de Mario par ex.

Ill est une sorte de Dieu venu d'ailleurs, la représentation de Myamoto dans le jeu. D'où son apparence irréelle.

Pas mal j'ai pris un réel plaisir à tout lire ^^ il y a tellement d'histoire différente sur ce jeu ^^

Intéressant effectivement
Cependant je tiens a dire que les masques des golem sont le fruit de Skull Kidd par le pouvoir de majora, pour enfermer les géants (pour plusieurs raison):
-La raison de Skull Kidd: l'avoir laissé tomber
-La raison de Majora: ils était trop puissant et aurai pu stopper la lune (lui même)

Sinon pour le reste je te tire mon chapeau =)

Merci Vodkablack, c'est que j'ai atteint mon but alors

Pour les masques des géants, la grand-mère d'Anju raconte que c'est parce qu'ils ne venaient pas qu'il a commencé à jouer des tours aux gens... Et il aurait plutôt envie de les revoir au lieu de les enfermer, en plus du fait que Skull Kid n'a aucun pouvoir, pour moi ça ne tient pas.

la raison de skull kid possédé par le masque, pas skull kid lui même, je ne suis pas bête a ce point ^^

Oui mais il pique le masque de Majora après avoir attendu les géants en vain, donc ils ont sans doute déjà été capturés; en plus le masque modifie la volonté, il ne va pas complètement dans le sens inverse non plus, il amplifie plutôt les traits.

Ces pas faux pour le vendeur de masque
Vu qu'il et dans d'autre zelda aussi
Ces sûrement myamoto

Up en cette enième période d'espoir de remake

Intéressant effectivement. ^^ J'avais 12 ans quand j'ai fini le jeu la première fois, j'en aurais presque 27 à la sortie du remake. Tout ce que tu dis se tient complètement, et me donne encore plus envie de redécouvrir ce Zelda qui reste, à ce jour, parmi mes trois préférés ! ( avec OOT et TP )