J'ai trouvé sur un autre site pour ceux que ça intéresse, je vous mets le message qui m'a aidé :
-Téléchargez la version r930 x64 de x360ce sur le site "EmuCr" en cliquant sur le lien suivant : http://www.emucr.com/2014/10/x360ce-svn-r930.html.
-Décompressez l'archive et ne prenez que les fichiers et dossiers suivants : "x360ce.exe" (icône manette), "x360ce.ini" (au format bloc notes et faites attention à ne pas prendre "x360ce.sample"), "x360ce.gdb" et le dossier "x360ce.lib" (il se trouve dans le dossier "Presets").
-Collez tout ces fichiers dans le répertoire du Jeu, là où se trouve l'application "sdhdship.exe".
-Double-cliquez sur "x360ce.exe" et laissez le programme créer "xinput1_3.dll".
-Paramétrez les touches de votre manette. Ne vous inquiétez pas si vous ne pouvez pas voir l'activation de vos touches! Puis sauvegarder en cliquant sur "Save" et fermez le programme.
-Allez dans le "x360ce.ini" et entrez les lignes suivantes dans la section "Input Hook" :
[InputHook]
HookLL=0
HookCOM=1
HookSA=0
HookWT=0
HookDI=0
HookPIDVID=0
HookName=0
HookMode=1
-Enregistrez et fermez "x360ce.ini".
-Supprimez "xinput1_3.dll" et mettez à la place le fichier "xinput1_3_64.dll" qui se trouve dans le dossier "x360ce.lib". Renommez "xinput1_3_64.dll" en "xinput1_3.dll" et copiez trois fois ce "dll". Renommez les trois autres copies du "dll" en "xinput1_1.dll", "xinput1_2.dll" et "xinput9_1_0.dll".
-Veillez à ce tout les "xinput" de taille similaire (130 ko) soient dans le répertoire du Jeu avec son application.
-Entrez dans le programme "x360ce" et magie! vous pouvez voir le mappage de vos touches.
-Allez dans l'onglet "Option" et veillez à ce que le Hook Mode soit en "Normal".
-Vérifiez dans l'onglet "Settings Database" si "sdhdship.exe" est pris en charge par le programme.
-Sauvegardez et fermez "x360ce" puis démarrez le Jeu.
-Si vous avez suivi ce tuto à la lettre vous devriez entendre le petit bip de "x360ce" dés le lancement du Jeu.
-Et voilà! J'espère que ce petit tuto vous aidera car franchement j'ai dû chercher comme un malade sur google pour trouver cette solution!