Bah, désinstalle le de NMM si tu l'avais installé de cette manière, puis installe la nouvelle version et arrange toi juste pour modifier le Load Order de manière à ce qu'il charge les patch convenablement.
Si tu l'avais installer par l'installeur de Wiwiland, alors je vois pas le souci, t'as juste à écraser l'ancienne version et la remplacer par la nouvelle j'imagine.