Après l'insurrection de Liquid Ocelot, le monde s'est peut être débarrassé des Patriots mais il a aussi faillit être ne proie au Chaos.
A la maison blanche, le président a peur que son pays sombre dans une terrible crise dont il pourrait ne pas se relever. Affin de remédier à celà, les hommes les plus influents des USA se réunissent en secret et cherche des solutions pour sauver leur pays sans rentrer dans le même extremisme que les Patriots et les Philosophes avant eux. Ils décident donc de se limiter à l'aspect économique et financier du pays et de ne pas s'impliquer dans les autres domaines. Mais dans les sociétés capitalistes du 21ème siècle, tous les domaines sont dépendant de l'économie et peu à peu ceux que l'on appel les Néo-Patriots font les même erreurs que leurs prédécésseurs...