A vrai dire, Skies sous nulldc est connu pour avoir ces problèmes. Je n'ai jamais trouvé quelqu'un qui ait dégoté une config résolvant ça. De mémoire, il y a une version antérieure de Nulldc qui permet au jeu de mieux passer mais c'est toujours pas top.
Je te conseillerai plutôt Dolphin avec Skies Of Arcadia Legends (plus de contenu que le Skies Dreamcast et techniquement quasi-similaire).