Si de nos jours le studio Naughty Dog est connu pour être à l'origine de la trilogie Uncharted sur Playstation 3, les gamers chevronnés ont pu suivre ou découvrir l'histoire de sa création et plus précisément celle de ses deux fondateurs, Jason Rubin et Andrew Gavin. Ces deux passionnés de programmation se sont rencontrés en 1983 mais n'ont réellement commencé à développer des jeux que trois ans plus tard sous le nom de JAM Software. Les facultés artistiques de Jason, couplées aux qualités de programmeur d'Andy ont donné naissance à plusieurs titres comme Ski Crazed (Apple II - 1986) et Dream Zone (Apple II - 1988), tous deux édités par Baudville.
Electronic Arts sera intéressé par leur travail et fera signer aux deux développeurs leur premier contrat. Cependant, JAM Software étant un nom déjà emprunté par une société australienne, Jason et Andy ont dû renommer la leur : c'est ainsi que naquit Naughty Dog. Du partenariat avec Electronic Arts naîtront les jeux Keef the Thief sur Apple IIGS (1989) et Rings of Power sur Megadrive (1991).
Après une année de repos, Naughty Dog reprit son activité de plus belle grâce à l'appel de Trip Hawkins, devenu ex-directeur d'Electronic Arts et fondateur de 3DO, société créatrice de la console éponyme. Rubin et Gavin se sont alors attelés à la création d'un jeu sur ce support : Way of the Warrior (1994). Universal Studios a publié le soft, puis a invité les jeunes programmeurs à déménager pour la Californie où de nouveaux bureaux les attendaient. Une offre idyllique que les concernés ont évidemment accepté, trop tentés par la perspective de travailler en collaboration avec des scénaristes et designers hollywoodiens. Ce choix d'avenir a permis aux fondateurs de Naughty Dog de faire un grand bond en avant : disposant désormais de fonds et d'équipements solides, ils purent mettre en route un projet pour le moins ambitieux, celui de réaliser "le meilleur jeu vidéo qui soit".
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