Même si Assassin's Creed se veut orienté infiltration, il y a tout de même de nombreuses séquences de combat, volontaires ou non. La manière d'effectuer un combat dépend du profil de l'Assassin. Dès lors, les combats sont à classer en deux grandes parties : une approche silencieuse (ce qui ne constitue pas vraiment un combat) et les méthodes plus traditionnelles.

Les Assassins ont la particularité de perpétrer des meurtres silencieux et quasi indécelables. Pour ce faire, ils ont recours à divers moyens. Le plus répandu est la lame secrète. Arme de base de la série, il s'agit d'une mini dague faisant partie d'un mécanisme, fixé à l'avant-bras. Par un simple mouvement des doigts, le système est actionné et la lame sort ou rentre. Elle est donc totalement indétectable et permet d'éliminer des cibles en plein milieu d'une foule sans que l'Assassin ne se fasse remarquer. Mais d'autres techniques existent. Grâce à leur extraordinaire agilité, les Assassins peuvent grimper partout et attaquer leurs ennemis depuis des positions inattendues. Il est alors possible de pousser les gardes dans le vide, les éliminer avec des armes de jet comme les couteaux de lancer, l'arbalète ou encore le pistolet.

Mais tout n'est pas toujours si simple. Il arrive que le plus talentueux des Assassins commette une faute, bouscule un garde, ou en tue un devant une patrouille. Dès lors, le véritable système de combat s'enclenche. Les combats reposent surtout sur la réactivité du joueur. Comme nous allons le voir dans la partie suivante.