Silent Hill 3 est en fait une sorte de réitération subtile du premier épisode. Tout au long du jeu, on assiste pareillement à une réunion de deux êtres qui ont comme destin la réincarnation d'un dieu-démon.

17 ans après que Harry Mason ait quitté Silent Hill, nous retrouvons sa fille Heather en adolescente insouciante. Partie faire des courses au supermarché, elle se retrouve prise malgré elle dans un monde parallèle habité par d'horribles créatures. Heather fait tout pour quitter cet endroit ignoble et retourner chez elle. En chemin, elle rencontre trois personnes (le détective Douglas Cartland, la prêtresse Claudia Wolf et Vincent, un prêtre énigmatique), mais aucune ne lui paraît digne de confiance. Elle décide donc de continuer sans leur aide. Arrivée chez elle, Heather trouve son père adoré. Malheureusement, il vient d'être assassiné. Ce n'est que peu après qu'elle découvre que Claudia est l'auteur du meurtre. Homicide qui, semble-t-il, a pour unique but d'attiser la colère de la pauvre Heather et de lui faire recouvrir sa « vraie » identité. Folle de rage, Heather se lance à la poursuite de Claudia, avec la participation du détective Cartland. Sa soif de vengeance la conduit jusqu'à Silent Hill, le lieu de sa naissance.

C'est ici même que l'essence de son âme se réveillera. Depuis le début, Claudia l'attire en fait vers l'autel de son sacrifice. Malgré sa foi similaire à celle de Claudia, Vincent (sans doute le personnage le plus mystérieux de la série), désapprouve les supplices infligés à Heather mais sa contestation n'empêchera hélas pas l'inéluctable. Les deux femmes se retrouvent finalement face à face au sein de la chapelle de Silent Hill. On découvre alors que Claudia désire la même chose que Dahlia Gillespie jadis. Elle veut sacrifier Heather pour réincarner son dieu. Mais son plan ne se déroule pas vraiment comme prévu. Sur le point de se transformer, Heather utilise tout son courage pour repousser le démon qui l'habitait. Claudia ne perd pas de vue son but et se sacrifie alors à la place de Heather. La créature divine prend forme et ramène sur Terre le courroux d'Alessa. Cependant, sa formation inachevée ne sera pas assez puissante pour résister à la vengeance de Heather, qui réussit à terrasser cet horrible dieu. Tout en acceptant ses origines, l'héroïne réussit ainsi à vaincre sa face maléfique et à venger son père.