Le principe est relativement similaire au premier Hitman ; les missions servent à se rapprocher d'un personnage important, qui constitue la cible finale du contrat. La différence est que 47 n'a pas à acheter ses armes avant chaque mission. Par contre, il peut employer celles qu'il a ramenées avec lui lors d'une mission précédente. Le tueur ne peut pas non plus acheter de munitions ni de matériel, tout est fourni automatiquement et reporté d'une mission à l'autre. Ce bouleversement de gameplay entraîne forcément quelques complications pour le joueur comme le fait d'avoir à compter ses balles pour ne pas se retrouver à court au bout de quelques niveaux. Si on aime tirer sur tout ce qui bouge, cela peut poser problème. Surtout que certaines missions nécessitent d'avoir un nombre suffisant de munitions, que l'on joue en infiltration ou pas. Il vaut donc mieux rester vigilant en permanence et se montrer économe.

Dans cet opus, l'inventaire est organisé plus clairement et il est maintenant possible de ramasser une arme que l'on possède déjà. Les munitions de l'arme obtenue s'ajoutent simplement à celles que 47 a déjà, contrairement à où les objets s'ajoutaient à chaque fois à l'inventaire. Autre grand avantage : il est à présent possible de sauvegarder en cours de mission. L'impossibilité de sauvegarder dans Codename 47 a pu en dérouter plus d'un. Graphiquement, c'est aussi plus joli que le premier et il y a nettement moins de bugs d'affichage. Ensuite, la narration est plus soutenue et on a moins l'impression d'enchaîner les contrats comme un robot qui ne se pose aucune question. Les objectifs eux-mêmes sont aussi plus variés, plus intéressants et plus nombreux. On note également l'apparition de la vue à la première personne, avec la possibilité de changer de focal à tout moment. Dans l'ensemble, Silent Assassin est donc meilleur que Codename 47 et bon nombre de fans l'ont accueilli à bras ouverts. Certains estiment d'ailleurs qu'il s'agit du meilleur épisode de la série. Il faut noter que depuis ce volet, il existe dans le jeu un système de rang détaillant de quelle manière a été effectuée la mission : plus on est furtif (utilisation d'armes silencieuses entre autres) et moins on tue d'innocents, plus ce rang est élevé. Le rang suprême est assassin invisible, ce qui signifie que l'on a effectué la mission sans aucune bavure.

Comme son prédécesseur, le gros point noir du jeu reste l'IA. Si les développeurs ont à peu près laissé tomber l'idée du « il y a un assassin dans le coin et il se trouve dans mon dos mais je m'en fiche », ils ont été trop loin dans l'autre sens. N'espérez pas rester longtemps à proximité d'un garde sans vous faire repérer. Quant à courir, ce n'est même pas la peine d'y penser si un ennemi peut vous voir. Par contre, tuer quelqu'un à 20-30 mètres d'un garde ne pose aucun problème. Et cerise sur le gâteau, si vous avez le malheur de vous approcher trop près d'un ennemi, ce dernier ne vous lâchera plus jamais ! Certains verront tout cela comme un avantage et pousseront l'infiltration dans ses derniers retranchements, le but étant d'éviter absolument tout comportement anormal. D'autres fulmineront et abattront tous les gardes qu'ils croiseront. Mais dans ce cas, impossible d'atteindre le sacro-saint rang d'assassin invisible. Heureusement, un indicateur affiche en permanence le niveau de suspicion des ennemis.