Courant 1998, en plein développement de Fallout 2, Tim Cain, Leonard Boyarski et Jason Anderson décident de ne pas participer à l'aventure Black Isle Studios en raison de désaccords avec Interplay, qu'ils quittent dans la foulée, laissant à leurs petits camarades le soin de terminer le jeu. Voilà pourquoi, malgré leur implication évidente dans le travail de préconception, et l'empreinte qu'ils laisseront sur cette suite, ils ne sont pas crédités dans Fallout 2. Dès le mois d'octobre 1998, ils fondent Troika Games, un studio indépendant spécialisé dans les jeux de rôle PC à qui l'on devra Arcanum : Engrenages et Sortilèges, Le Temple du Mal Elémentaire et Vampire : The Masquerade - Bloodlines. Le studio mettra la clé sous la porte en février 2005. Le destin de Black Isle ne sera pas forcément plus heureux : après avoir développé et/ou édité plusieurs titres de qualité inégale (la série des Baldur's Gate, Planescape Torment, Icewind Dale et ses suites, etc.), la société sera fermée en décembre 2003 par Interplay sous l'impulsion de sa maison-mère Titus. Plusieurs ex-Black Isle, dont Feargus Urquhart et Chris Avellone, s'en iront alors fonder Obsidian Entertainment.

Ce qui a beaucoup chagriné les fans, c'est qu'au moment de sa fermeture, Black Isle travaillait sur un projet connu sous le nom de code Van Buren, qui n'était autre que Fallout 3. Ce nouveau volet devait se dérouler en 2253, douze ans après les événements du second opus, dans le sud-ouest des Etats-Unis (la zone de jeu couvrait grosso modo l'Arizona, le Nevada, le Colorado et l'Utah). Le joueur débutait son aventure dans une prison, et devait déjouer un mystérieux complot. Le système de combat avait été sensiblement modifié puisque Interplay avait exigé de Black Isle que les joueurs puissent choisir de combattre en temps réel ou au tour par tour. Au moment de son annulation, Van Buren était fini à environ 75 % ; il utilisait un tout nouveau moteur graphique développé pour un certain Baldur's Gate 3, comme en témoigne la démo technologique du jeu diffusée en mai 2007 dans le cadre du 10ème anniversaire de Fallout. Van Buren ne verra jamais le jour : suite à la fermeture de Black Isle, Interplay vend les droits de la série à Bethesda Softworks, qui développera son Fallout 3 sur de toutes autres bases.