Quelques décennies passent, peut-être même des siècles, avant que l'esprit de Ganon ne croise le chemin d'Agahnim, un puissant magicien. Ganon possède alors le sorcier pour tenter de mettre une nouvelle fois la main sur la Triforce, qui pour plus de sûreté est retournée dans son sanctuaire de la Terre d'Or. Mais comment faire ? Le miroir qui permettait de passer d'un monde à l'autre dans Twilight Princess a été détruit et les sept sages, morts depuis longtemps, ne peuvent pas lever leur protection.

Ganon et Agahnim se mettent ainsi à la recherche des descendants des sept sages d'Ocarina of Time pour briser une fois pour toutes le sceau des sages, revenir en Terre d'Or et s'emparer de la Triforce. Pour passer inaperçu, Agahnim se présentera en sauveur lorsque de mystérieuses catastrophes s'abattent sur le royaume. Le vil magicien s'offre ainsi l'hospitalité et la protection du roi. Peu de temps après, on remarque la disparition de six jeunes filles à travers le royaume. C'est par une nuit orageuse que la princesse, dernière descendante des sages capturés, parvient à user d'anciens pouvoirs télépathiques pour contacter le héros et son oncle. L'oncle mourra bêtement d'une cheville cassée en tentant de s'infiltrer dans le château...

Le héros et la princesse, eux, parviennent à s'enfuir par des passages secrets du château. La quète est lancée : il faut récupérer Excalibur et bouter Agahnim hors du royaume. Au dernier moment, la princesse est re-capturée et disparaît sous les yeux du héros. La porte de La Terre d'Or est désormais grande ouverte pour Agahnim et Ganon, qui vont s'empresser de devancer le héros et poser leur sales pattes sur la Triforce. Mais rien n'est joué ! Le vœu de Ganon à été interprété par la Triforce qui lui a conféré le saint royaume à son image. Il faut désormais empêcher ces hordes de créatures de déferler sur le véritable royaume d'Hyrule.

Pour cela, rien de plus simple : il faut retrouver les sept nouveaux sages qui se feront un plaisir d'ouvrir la voie menant au repaire de Ganon. Après bien des efforts, Agahnim finit par rendre l'âme, laissant Ganon libre d'affronter le héros. Mais en vain. Ganon est de nouveau vaincu et notre héros peut à son tour toucher le symbole divin pour faire son voeu et rétablir l'ordre des choses.

Au niveau géographique, les terres d'Hyrule n'ont pas tellement bougé entre Twilight Princess et A Link to the Past. Vous vous souvenez de la carte de Twilight Princess version Wii ? Tournez la simplement à 90° dans le sens des aiguilles d'une montre et vous trouverez la carte de A Link to the Past (ci-dessous). La montagne et la cascade sont toujours là, Toal est devenu le nouveau Cocorico. Il reste d'ailleurs des vestiges de l'ancien Cocorico tels que l'église au pied de la montagne ou la demeure du vieil homme dans les montagnes. Le désert est toujours à sa place, seul le lac s'est déplacé un peu, laissant des marais à son ancien emplacement.

D'autres éléments nous confirment qu'A Link to the Past se déroule après Twilight Princess. A commencer par le miroir que nous donne le vieil homme dans la montagne, un bien joli miroir capable de nous faire passer d'un monde à l'autre. Il est fort probable qu'il s'agisse-là d'un fragment du miroir brisé à la fin de Twilight Princess. Enfin, le sanctuaire d'Excalibur n'a pas bougé, bien au contraire, il est encore plus enfoui dans la végétation que dans Twilight Princess. Il n'en reste d'ailleurs plus que l'autel.

Si la fin de A Link to the Past ressemble à un joli happy end, ce n'est qu'en apparence...