De nombreuses années après Minish Cap, c'est véritablement Ocarina of Time qui démarre la saga telle qu'on la connaît mieux. A son arrivée au château, personne ne se méfie de Ganon. Celui-ci prétend venir en émissaire de paix : en tant que chef du peuple Gérudo, il présente ses respects au roi actuel et lui jure fidélité. Mais Zelda et le héros, un jeune Hylien caché par sa mère au sein du peuple sylvain Kokiri, ne sont pas de cet avis et sentent bien la présence du mal en lui.
Il s'avère en effet que le seul but de Ganon est de découvrir l'entrée du saint royaume, la Terre d'Or, pour s'emparer de la Triforce. Ce dernier enlèvera même la princesse dans ce but. Dans un élan d'héroïsme, le jeune héros ira se saisir d'Excalibur, cachée dans le temple du village au pied du château. Trop jeune pour manipuler une telle arme, le héros est scellé dans le temps jusqu'à obtenir les aptitudes nécessaires. A son réveil, il apprend de la part du sage de la lumière qu'en s'emparant d'Excalibur, il a permis à Ganon de s'emparer du fragment de Triforce de Puissance.
Il lui faudra alors faire des allers-retours entre passé et futur pour réunir les sept sages, dont Zelda, dissimulée sous les traits de Sheik. Le nombre des sages est symbolique : somme de la trinité divine et des quatre éléments, il représente l'association parfaite ! Après une lutte épique, Ganon sera vaincu et banni en Terre d'Or par les sages. Il devra y rester jusqu'à nouvel ordre.
Mais un miracle se produit : Zelda renvoie le héros dans le passé afin qu'il puisse modifier le cours des événements et empêcher d'arriver ce qu'il vient de vivre. Contrairement à certaines théories sur le sujet, nous ne considérons pas que cette fin puisse vraisemblablement mener à une chronologie divisée en deux. Que ce soit dans le présent ou dans le futur, les sept sages scelleront Ganon de la même manière. De plus, la Triforce, qui avait été brisée en trois dans l'histoire du jeu, n'a pas bougé dans un cas comme dans l'autre.
Si Ocarina of Time permet d'introduire Ganondorf et de situer le titre dans la chronologie (vers le début, donc), il reste encore un brin de mystère au sujet du héros. Quel besoin la mère a-t-elle eu de confier son enfant au vénérable arbre Mojo. Sa différence aurait fini par dévoiler ses vraies origines au peuple Kokiri qui conserve une apparence d'enfant. L'enfant était-il destiné à devenir héros ou bien a-t-il été mis de force sur la route du destin par sa mère et l'arbre Mojo ? Difficile à dire.
