Le cross-over est en réalité justifié par la notion de mondes, très différents, qui auraient été récemment connectés entre eux. Des créatures nées des ténèbres, connues sous le nom de Sans-coeur, ont en effet réussi à détruire les parois infranchissables qui les séparaient, attirées par les coeurs que ces mondes abritent en leur sein. Pas seulement ceux des êtres humains, mais aussi ceux que possède chacun de ces mondes, cachés derrière une porte.
La connexion établie entre ces univers va permettre au joueur de partir à la rencontre de leurs habitants, tous des personnages qui sont issus soit des mondes Disney, soit des jeux Final Fantasy.
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Notre histoire débute sur l'île du destin, en présence de trois personnages totalement inconnus des joueurs : Sora, Riku et Kairi. Un trio soudé par une amitié qui semble à toute épreuve, vivant sur l'île du destin. Comment ces trois enfants sont-ils arrivés là ? Pourquoi ne voit-on personne d'autre ? Ces questions ne trouveront pas de réponse car l'important se situe ailleurs. Sora ne rêve que d'une chose : savoir s'il existe d'autres mondes que le leur, et partir les explorer.
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Tout bascule lorsque Sora, tourmenté par les rêves étranges qui le hantent, est projeté dans un ailleurs à la fois surréaliste et magnifique, baptisé symboliquement la salle de l'éveil. Au sol, de gigantesques vitraux qui représentent les premières princesses de coeur. Dans l'air, une voix qui presse Sora d'avancer et de donner forme au pouvoir qui est en lui. Devant lui, trois symboles : l'épée (pouvoir du guerrier), le sceptre (pouvoir du mystique) et le bouclier des rêves (pouvoir du gardien). Il lui faut en choisir un et renoncer au troisième. Un choix crucial pour le jeune garçon, mais aussi pour le joueur puisque l'objet choisi va déterminer l'ordre d'apprentissage des compétences durant toute la durée de la partie.
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Un second choix doit d'ailleurs être effectué un tout petit peu plus loin lorsque Selphie (FFVIII), Tidus (FFX) et Wakka (FFX) tentent de percer à jour notre personnalité en nous posant trois questions successives. Les réponses données influent cette fois sur les caractéristiques de Sora et son rythme de progression : rapide, normal ou lent. Dans le premier cas, le level-up sera plus rapide jusqu'au niveau 40, puis il deviendra plus lent que dans les deux autres cas de figure.
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Lorsque Sora revient à lui, c'est pour voir tout son univers bouleversé. Le déferlement des ténèbres n'épargne pas l'île du destin, et le comportement de son ami Riku lui laisse pressentir le pire... Dans sa tête résonnent encore les paroles énigmatiques d'un mystérieux homme en noir. « Ce monde a été connecté ». « Il y a tellement à apprendre, et toi tu ne comprends rien ». « Celui qui ne sait rien ne peut rien comprendre »...
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