Origins couvre une période courte et mouvementée qui précède de 20 années les aventures de Kalas, le héros du premier Baten Kaitos. Nous sommes donc en présence d'un prélude quasiment direct, soit une "préquelle" pour reprendre l'anglicisme qui va bien. La situation sociale et politique du début de BK1 est la conséquence directe des incidents qui auront lieu dans Origins.

Avançons-nous donc de 20 années... Les dirigeants des 3 principaux continents de ce monde sont soumis aux caprices martiaux de l'Empereur d'Alfard : Geldoblame. Si l'hostilité n'est pas clairement exprimée d'un côté comme de l'autre, la présence de troupes impériales et les incessantes altercations sur tous les territoires signifient qu'il y a bien un problème. En réalité, Geldoblame, véritable tyran, veut être le seul maître à bord. Pour cela, il va chercher à s'approprier les End Magnus, ces fameuses cartes qui abritent l'esprit décomposé de Malpercio.

L'Empire d'Alfard est le seul endroit du monde où la technologie semble développée et moderne. L'exemple le plus radical reste ces nombreuses personnes qui ont remplacé leurs Ailes du coeur par des membres mécaniques. Les habitants de l'Empire sont généralement méprisants envers les autres peuples. Ils expriment même ouvertement ce racisme envers les gens du village d'Azha, positionné au sud d'Alfard et qui ose pourtant ne pas se soumettre à l'Empire. Bref, BK1 démarre dans un environnement déjà bien endommagé et tendu, pour ne pas dire un véritable baril de poudre.

Hop, retour rapide 20 années auparavant. Au tout début de Baten Kaitos Origins, l'empire n'est certainement pas la détestable autocratie meurtrière qu'elle deviendra par la suite. Les différents continents vivent en paix, chacun dans son coin et s'occupant de ses propres problèmes. En réalité, l'autorité impériale est quelque peu souffreteuse, la faute à un empereur vieillissant : Olgan. Le bonhomme conduit le régime depuis plus de vingt ans (on ne sait pas combien de temps exactement). Même les ailes mécanisées ne sont pas encore apparues, les villes de Mintakaet Great Mintaka sont déjà des vitrines technologiques, remplies de robots et autres mécanismes électriques. Olgan doit une telle modernité à un de ses vassaux les plus fidèles : le Lord Baelheit. Ce personnage sévère et noble est l'inventeur de la technologie Machina, qui régit tous ces dispositifs modernes. Et c'est bien Olgan, convaincu par les services que peut apporter la technologie, qui a lancé un vaste projet de modernisation. En gros, l'Empire connaît depuis une dizaine d'années une véritable révolution industrielle.

Le protagoniste principal de Baten Kaitos Origins s'appelle Sagi. Il est justement lié au Lord Baelheit puisqu'il fait partie du Dark Service, une guilde militaire clandestine au service du scientifique. Sagi est un jeune garçon de 15 ans plutôt ingénu. Il vient d'Hassaleh. Il n'aurait sans doute jamais pu entrer dans le Dark Service, afin de gagner sa vie, s'il n'avait pas cette particularité d'être un Spiriter. Ce terme qualifie une âme humaine sur laquelle s'est posé un "esprit supérieur". La nature de cette dernière entité n'a rien de très défini : esprit du passé, du futur, d'une autre dimension ? Quoi qu'il en soit, les spiriters profitent d'une aura et d'une chance plus importante que la moyenne puisque leurs esprits les guident généralement sur la meilleure voie. Depuis quelque temps, Sagi est sous l'emprise d'un rêve récurrent. Ces songes se manifestent en cinématique dès l'ouverture du jeu. Son rendu à l'écran est un habile mélange de techniques très différentes : animation continue et stop-motion, à-plats 2D, aquarelles et quelques éléments en 3D. Cela donne un aspect insaisissable à une scène qui représente manifestement l'ancienne guerre de l'âge des dieux.

Le meilleur compagnon de Sagi n'est pas humain. Guillo, c'est son nom, se pose en véritable énigme. Au sein du Dark Service, où il a suivi Sagi, il est apparenté à une paramachina, c'est-à-dire grossièrement un robot de guerre. Il faut dire qu'il est effectivement d'origine mécanique, et a manifestement été construit par l'homme. Mais il ne s'agit certainement pas d'une paramachina. Avec son apparence chamarrée et son autonomie totale, le considérer comme l'égal de ces vulgaires assemblages de cartes électroniques est une insulte. La chose possède surtout une intelligence, voire une conscience, si l'on considère que l'humour est le propre de tout esprit. Car elle est dotée de parole. Sa voix faite d'intonations féminines et masculines à la fois est d'ailleurs très suprenante et renforce l'aspect androgyne du personnage. Guillo est la "poupée" de Sagi. C'est ainsi qu'elle est défini la plupart du temps. Elle ne trahira, ne décevra et ne quittera jamais le garçon. Vous apprendrez après quelques heures de jeu quelle est la cause d'une telle allégeance et, bien après, la nature de cette étrange machine.