Comme dans tout jeu de rôle, Paper Mario 2 se divise en deux phases distinctes : les combats et les déplacements sur le "field", qu'on appellera aire de jeu. Ceux qui ont l'habitude des RPG ne seront donc pas dépaysés, à cela près que les deux sont ici intimement liés. Les déplacements sont basés sur les mouvements classiques de Mario, le saut et l'utilisation du marteau constituant les principales compétences du plombier. Dans toutes les zones de jeu, villages compris, Mario peut donc se déplacer à loisir, parler aux autochtones, sauter dans des tuyaux pour parfois passer dans l'arrière-plan du décor ou rencontrer un ennemi. Comme dans les autres opus de la série, mieux vaut engager un combat en sautant sur la tête d'un ennemi ou en le frappant avec le marteau pour avoir l'initiative, ce qui se traduit par une attaque supplémentaire dès le début du combat. Dans l'aire de jeu, le marteau peut également servir à détruire des blocs ou activer des interrupteurs. La richesse du jeu vient toutefois de l'amélioration des compétences de Mario et de la complémentarité avec les alliés. En agissant avec Mario, ceux-ci peuvent en effet élargir ses capacités d'action, mais tout cela est détaillé sur la page qui leur est dédiée. Concernant Mario, outre les améliorations liées au saut ou au marteau, des coffres noirs lui jetteront parfois des sorts qui lui octroieront la possibilité de se transformer. Pour vous donner une idée de la chose, sachez qu'il est possible de planer sous la forme d'un avion en papier, de tourner Mario sur la tranche pour passer à travers des barreaux, ou encore de se mettre en boule. Des transformations qui sont liées à la nature de Mario qui, comme tous les personnages du jeu ainsi que les environnements, apparaissent sous la forme d'une mince feuille de papier. Vous en trouverez quelques exemples sur ces images.