L'une des principales particularités de ce Paper Mario 2 réside dans le fait que les combats se déroulent systématiquement sur une scène de théâtre. Les rideaux rouges et le public ne sont pas là que pour faire beau, ils jouent un rôle très important durant les affrontements. Ce sont les spectateurs qui jugent l'efficacité de vos performances, et ils n'hésitent pas à vous jeter des boîtes de conserve et autres objets néfastes pour traduire leur mécontentement. A vous de faire en sorte de vous mettre le public dans la poche en réussissant du mieux possible vos actions pour obtenir des étoiles qui vous serviront à lancer vos attaques spéciales. Vous pourrez même prendre la pose pour gonfler d'un coup votre stock d'étoiles avec celles que vous enverra la foule en délire. Un bon timing vous offre également la possibilité d'intercepter un objet lancé dans votre direction, et de temps à autres, vous pourrez repérer et corriger des spectateurs agités ! En plus de ça, des Maskass (Shyguy) viendront semer la zizanie dans les rangs pour faire fuir les spectateurs, et il arrivera que vous ou vos ennemis receviez carrément des portions de décors instables sur la tête. Autant d'éléments à prendre en compte dans le déroulement des combats.

Pour le reste, on retrouve le même style d'affrontements que dans les autres opus. Une fois les défenses de l'ennemi analysées, on détermine s'il est plus vulnérable aux attaques sautées qu'aux frappes directes, et on choisit son action en conséquence. La plupart du temps, il est possible d'optimiser ses attaques en respectant un timing précis, ce qui implique aussi l'échec de l'action dans le cas inverse. Plus une action est redoutable, plus le timing sera délicat, ce qui oblige le joueur à pratiquer régulièrement pour maîtriser complètement son jeu. Dans le même ordre d'idées, il est possible de limiter les dégâts infligés par une attaque ennemie en parant au bon moment, et même de contre-attaquer. Autant dire que les combats sont drôles, passionnants et très intéressants, surtout que les possibilités offertes sont vastes et paramétrables via les badges. De plus, la position des personnages joue un rôle primordial étant donné que le combat se déroule sur une ligne. Il est souvent utile de changer la position de son partenaire lors de certains tours pour protéger Mario, ou bien faire l'inverse.