A l'instar de la princesse Peach, Bowser intervient également à chaque fin de chapitre via de courtes séquences de jeu où il est possible de le contrôler. L'éternel ennemi juré de Mario a donc bien un rôle à jouer dans cette aventure, même s'il ne semble pas que ce soit lui qui tire les ficelles. Contrairement à Peach, Bowser dispose de deux types d'actions : le saut et le jet de flammes. Des techniques qui lui permettent de tout ravager sur son passage dans des phases de jeu qui évoquent parfois les niveaux des anciens épisodes de Mario façon plates-formes, avec la possibilité d'acquérir des champignons pour grandir ou d'écraser les Goombas.